법인성실도 0점, 그리고 부당 세무조사 — 감사원이 짚은 120개 회사 사례
감사원이 2026년 4월 본청 정기감사에서 "국세청이 법인성실도 평가시스템 오류로 120개 법인을 부당하게 세무조사 대상으로 선정"했다고 지적했습니다. 본청이 일부 평가항목을 누락한 채 0점으로 처리해 잘못된 점수를 그대로 지방청에 송부 → 지방청이 그 명단대로 조사를 진행한 구조입니다. 게다가 평가기준의 설계 자체가 부당하다는 별도 통보까지 있어, 2024~2025년 세무조사를 받은 법인은 "선정 단계"부터 다시 점검할 가치가 있습니다. 부산청에서도 세무조사 결과 부당 처리·가업상속공제 자산 양도세 부족 징수 등 처리 단계의 부당성이 이미 적발됐습니다.
핵심 정리
- 오류 패턴: 본청이 일부 평가항목을 누락한 채 0점 처리 → 왜곡된 점수가 지방청으로 송부 → 지방청이 명단대로 조사 실행
- 선정 유형 3가지: 순환조사(매출 2,000억+ 5년 주기) / 장기 미조사 / 성실도 평가 하위 — 가장 많은 기업이 적용받는 게 성실도 유형
- 평가기준 부당 설계: 특정 업종·규모가 구조적으로 불리하게 평가되는 항목 + 일부 항목 이중 계산 — 본청 평가 알고리즘 자체 결함
- 부산청 사례: 특정법인 거래 증여의제 세무조사 결과 부당 처리 (징계·시정) + 인정상여 처리 지연 — 처분 단계도 부당성 있음
- 경정청구·이의신청 제척기간 5년 내 — 2024~2025 종결 조사는 항변 근거가 공식적으로 마련된 상태
실무 체크리스트
- 세무조사 통지서 재확인: 선정 사유가 "성실도 평가 결과"라면 검토 가치 있음
- 2024~2025 종결 세무조사 결과 적정성: 본세·가산세 계산이 정확한지, 부당한 추징이 있었는지 재검토
- 경정청구·이의신청 기간 확인: 통지일로부터 90일 / 5년 제척기간 내
- 업종 특성 분석: 본인 회사가 평가시스템 설계상 구조적으로 불리한 업종에 속하는지 점검
- 조사 대응 자료 보존: 향후 재조사 시 활용 가능 — 소명서·증빙·조사관 답변서 일체
자주 묻는 질문
Q내 회사가 부당 세무조사 120개 법인에 포함되는지 어떻게 확인하나요?
감사원 보고서는 구체 법인명을 공개하지 않았지만, 2024~2025 세무조사 통지서의 "선정 사유"가 "성실도 평가 결과"로 명시되어 있고 결과적으로 큰 추징이 없었다면 부당 선정 가능성이 있습니다. 통지서 원본을 다시 검토할 가치가 있습니다.
Q이미 종결된 세무조사를 다시 다툴 수 있나요?
처분일로부터 90일 내라면 이의신청·심판청구가 가능합니다. 그 후라도 5년 제척기간 내라면 경정청구로 부당 추징 부분을 환급 신청할 수 있습니다. 감사원 지적이 새로운 항변 근거가 될 수 있습니다.
Q성실도 평가는 어떤 항목으로 점수가 매겨지나요?
신고 내용·동종 업종 평균·거래 패턴·매출-비용 비율 등 수십 가지 항목이 있습니다. 정확한 가중치는 비공개지만, 감사원 지적 후 국세청이 평가시스템을 개편할 예정이라 향후 점수 산출 방식이 바뀝니다.
Q세무조사 자체를 "받지 않게" 만들 수 있나요?
100% 회피는 불가능하지만 선정 유형별 회피는 가능합니다. 매출 2,000억 미만 유지(순환조사 회피), 5년 내 정기 신고 성실 처리(장기미조사 회피), 동종 업종 평균 대비 정상 범위 신고(성실도 평가 회피) — 이 3가지 관리가 핵심입니다.
Q조사 입회 세무사는 어떤 역할을 하나요?
조사관과 "전문가 대 전문가"로 소통하면서 (1) 부당한 자료 요구 거절, (2) 사실관계와 법령 해석의 분리, (3) 납세자보호관 신청, (4) 결과 처분 시 즉시 이의 제기 — 4가지를 책임집니다. 입회 없이 사장님 혼자 응대하면 적법한 권리도 못 행사합니다.
Q심판청구까지 가면 비용이 얼마나 드나요?
단발 수임 시 200만 원 ~ (사건 복잡도에 따라). 다원세무회계는 심판청구를 외부 변호사 위임 없이 사무소 내부에서 직접 수행하므로, 사실관계 정리부터 변론까지 한 사람이 책임지는 일관성이 다른 사무소와의 핵심 차이입니다.
심화 상담이 필요하신가요?
다원세무회계 광교본점에서 이고은 대표세무사가 직접 검토합니다.